В 1991 году по инициативе правительств РФ и США была принята программа сотрудничества в области образования «Образование. Бизнес». Цель: создать образовательные центры, призванные соединить достижения двух стран в подготовке подростков к самостоятельной жизни. Такими центрами были определены 6 городов Сибири и Москва. Барнаул вошел в их число. Изначально вновь образуемое учреждение получило статус – старшая профильная школа, полное название – РАЭПШ (Российско–американская экспериментальная профессиональная школа). В 2002 году присвоен статус «Лицей № 130 «РАЭПШ».
В июне – августе 2010 года по решению Администрации города Барнаула и на основании приказа № 214-004 от «12» мая 2010года началась процедура реорганизации на основе присоединения МОУ «СОШ № 25» к МОУ «Лицей № 130 «РАЭПШ».
До реорганизации МОУ «Лицей №130» имел статус старшей профильной школы. В результате реорганизации в Лицее обучаются школьники с 1 по 11 класс.